①结构的不同(双链RNA比单链具有更高效力),Similar behaviour of single-strand and double-strand siRNAs suggests they act through a common RNAi pathway(https://academic.oup.com/nar/article/31/9/2401/1080348)(http://europepmc.org/article/PMC/154224);
②序列的不同,
③处于mRNA位置的不同,https://www.biomart.cn/experiment/430/443/450/680/2282559.htm
1)外源插入片段的拷贝数,多数情况下,低拷贝甚至是单拷贝可以减少人为实验因素的干扰;
2)整合的几率,这不仅决定了稳定株筛选的难易程度,而且还更容易得到混合稳定株;
3)整合位点的转录活跃度,决定了稳定株中外源片段的表达质量;
4)整合后的稳定性。不同的整合位点决定了外源片段在染色体中的稳定性,有些区域易发生重组或者丢失,从而导致稳定株再次丢失的情况;
5)使用混合稳定株或者获得多个不同单克隆稳定株。因为稳定整合往往伴随这插入失活宿主内源基因,所以实验时通过使用混合稳定株,或者对多个单克隆稳定株进行比较,可以帮助获得更精确的实验数据。(https://wenku.baidu.com/view/306486dc6f1aff00bed51e78.html)